诊断婴幼儿肠套叠有典型症状者一般诊断不困难。临床上有阵发性腹痛、呕吐、便血及肿块四者存在即可确诊。对只有阵发性腹痛和呕吐的肠套叠早期，尚未出现血便，或晚期由于腹胀明显触不清肿块的病例，应做直肠指检，并进行空气或钡剂灌肠X线检查，可及时作出正确诊断。
结肠注气或钡剂X线检查是一种简便安全而可靠的诊断方法，不但可以及时作出正确诊断，同时也是较好的治疗措施。鉴别诊断小儿肠套叠应与其他许多胃肠道疾病相鉴别。
一、细菌性痢疾亦多见于婴幼儿，起病急，有阵发性腹痛、血便等，可能与肠套叠混淆。但痢疾排便次数多，含有大量粘液和脓血便，有里急后重，早期即有发热，腹痛不如 肠套叠剧烈而有规律，腹部也触不到肿块。粪便检查可见大量脓细胞，培养有痢疾杆菌生长。鉴别常无困难，但值得注意的是，在细菌性痢疾的基础上，因肠蠕动紊乱，也可并发肠套叠。
二、急性坏死性肠炎可表现为腹痛、呕吐和血便，但该病多有腹泻史，早期即可表现为腹胀、高热和频吐，大便频繁，呈洗肉水样，量较多，具有特殊腥臭味，全身情况恶化快，常表现严重脱水、皮肤花纹等休克症状。
三、蛔虫性肠梗阻多见于较大儿童，可有阵发性腹痛、呕吐，在腹部可触及蛔虫团，颇似腊肠样肿块，但其表面常呈条索状，一般无血便。发病不如肠套叠急骤，多有排蛔虫或不当驱虫史。
四、过敏性紫癜多见于年长儿，多数有新鲜的出血性皮疹，伴有关节痛，有时伴有血尿。血便多呈暗红色，腹部触不到肿块，这些症状有助于与肠套叠鉴别，有时本病可并发肠套叠，应引起注意，必要时应作X线检查。